Inicjatorem utworzenia muzeum był Józef Nikodem Kłosowski, który w 1930 r. na łamach "Wsi krasnostawskiej" rozpoczął akcję gromadzenia eksponatów. Kłosowski będący redaktorem miejscowej gazety, powieściopisarzem i nauczycielem, pisał: "Rzucając ludziom pracy i dobrej woli - zachętę do gromadzenia i wyciągania z mroków strychów rzeczy pięknych, a związanych z życiem krasnostawskiego ludu rzucam myśl założenia w obszernym gmachu szkoły rolniczej początków Muzeum Regionalnego powiatu Krasnostawskiego, muzeum, mogącego odzwierciedlić tak sztukę, obrzędowość jak i życie naszej wsi - od najdawniejszych, aż do najnowszych czasów, wiem że okazów znalazłoby się bardzo wiele. Tylko trzeba chcieć, a wyniki naprawdę będą zdumiewające".

Zamiarem autora pomysłu było utworzenie muzeum etnograficznego, gromadzącego głównie obiekty sztuki ludowej. Niestety zgromadzone przez niego zbiory rozproszone zostały w czasie II wojny światowej, a tylko nieliczne trafiły do zbiorów etnograficznych Muzeum Lubelskiego.

W 1945 r. ówczesny starosta Witalis Żmudzki powrócił do pomysłu Nikodema Kłosowskiego powierzając Zygmuntowi Tokarzewskiemu tworzenie muzeum. Pomysł, który nie został poparty urzędowym działaniem, a także wyjazd Zygmunta Tokarzewskiego z Krasnegostawu zamroziły inicjatywę na kilkanaście lat.

W1957 r. powstało "Koło Miłośników Historii Krasnegostawu i Okolic" skupiające głównie miejscową inteligencję. W Powiatowym Domu Kultury zorganizowano wystawę o charakterze muzealnym, która przeniesiona do kolegium pojezuickiego stała się zalążkiem muzeum. Organizatorem i pierwszym kierownikiem Muzeum został Zygmunt Tokarzewski - nauczyciel plastyki, regionalista, żołnierz AK.

Siedzibą muzeum stało się kolegium pojezuickie. W latach 1958 - 1962 była to jedna sala - dawna biblioteka, która pełniła funkcje wystawowe, magazynowe, biurowe a nawet w specjalnej skrzyni przechowywano opał. W tym czasie pozyskiwano eksponaty wyłącznie drogą darowizn i przekazów. Zgromadzono około 1000 eksponatów z różnych dziedzin, które zapoczątkowały obecne działy muzealne.

W 1962 r. Miejska Rada Narodowa przydzieliła dwa przylegające do sali muzeum pomieszczenia, Urząd Powiatowy środki na remont, uzupełniające zakupy muzealiów i aranżację nowych ekspozycji. Prace te przeprowadził zespół pracowników naukowych Muzeum Okręgowego w Lublinie przy osobistym wsparciu Ireny Iskrzyckiej ówczesnej dyrektor muzeum lubelskiego. W efekcie tych działań powstały ekspozycje, których autorami byli kustosze muzeum lubelskiego; Krystyna Postawka, Teresa Libuchowa, Zygmunt Ślusarski i Janusz Optołowicz.

Opieka merytoryczna ze strony Zamku Lubelskiego przejawiała się w różnych formach i prowadziła do kształtowania się profilu zbiorów, a także sposobów ich prezentacji. Przybywały kolejne pomieszczenia. W 1964 r. Miejska Rada Narodowa przyjęła uchwałę przeznaczającą całe I piętro budynku na cele muzealne - miało to nastąpić do 1970 r., ale stało się tak w nieco późniejszym terminie, bo w 1976 r.

W 1976 r. rozpoczęto przygotowania do kapitalnego remontu, było to przygotowanie dokumentacji naukowej, przeprowadzenie badań mykologicznych, architektonicznych i tynkarskich, które ujawniły XVIII-to wieczne freski w refektarzu przykryte warstwami tynków i pobiał. Prace konserwatorskie w refektarzu rozpoczęte w 1978 r. trwały z przerwami do 1986 r. Jednocześnie wykonano dokumentację geodezyjno-architektoniczną całego obiektu. W 1990 r. przeprowadzono badania posadowienia i stanu fundamentów kolegium. Były to etapy poprzedzające remont kapitany.

W 1966 r. przy wsparciu finansowym Ministerstwa Kultury i Sztuki przeprowadzono konkurs na kowalstwo artystyczne powiatu krasnostawskiego. Po konkursie zakupiono 128 prac, które stanowią podstawę kolekcji kowalstwa artystycznego w Muzeum.

Zaczątkiem kolekcji rzemiosła artystycznego stało się kilkanaście zabytkowych mebli podworskich przekazanych przez dawny teatr amatorski im. ST. Wyspiańskiego i inne urzędy i instytucje. Zbiór ceramiki i szkła zapoczątkowało znalezisko skrzyni z porcelaną w Pilaszkowicach

W latach 1962 - 1966 pracownicy Muzeum sprawowali opiekę nad pracami remontowymi w zamku w Krupem. Do zbiorów Muzeum trafiły fragmenty ozdobnych detali architektonicznych, renesansowe i manierystyczne kafle, bardzo liczne fragmenty naczyń ceramicznych.

Kolekcja sztuki sakralnej gromadzona od początku, wzbogacona została w 1991 r. poprzez depozyt i przekaz parafii pw. św. Franciszka Ksawerego. Wśród zdeponowanych obiektów znalazły się szczególnie cenne dla historii miasta portrety fundatorów i dobrodziejów zakonu o. Jezuitów a także argentalia, szaty liturgiczne i starodruki z bibliotek augustianów i jezuitów XVI - XVIII w.

W Krasnymstawie urodził się jeden z najwybitniejszych grafików polskich XIX w. Antoni Oleszczyński. Ambicją Muzeum było pozyskanie do zbiorów prac artysty. Zakup 15 rycin Antoniego Oleszczyńskiego nastąpił w 1969 r. Obecnie Muzeum posiada kolekcję stalorytów Antoniego Oleszczyńskiego liczącą ponad 200 pozycji, w tym egzemplarze z własnoręcznym opisem autora.

Jedną ze statutowych funkcji Muzeum jest eksponowanie zbiorów. Odbywa się to przez organizowane wystawy stałe oraz wystawy czasowe. Wystawy stałe organizowane są głównie w oparciu o własne zbiory i depozyty. Pierwszą tego typu wystawą była ekspozycja przeniesiona z Powiatowego Domu Kultury. Wystawa ta prezentowała różne "starożytności" jakie członkom Towarzystwa Regionalnego udało się pozyskać - były to liczne numizmaty, obiekty etnograficzne obiekty z zakresu sztuki.

W 1962 r. zaprezentowano trzy wystawy stałe: "Archeologia powiatu", "Historia miasta i powiatu" oraz wystawę etnograficzną z rekonstrukcją wnętrza izby wiejskiej z przełomu XIX/XX w. W następnych latach po uzyskaniu kolejnych sal zorganizowano wystawy "Zamek w Krupem", "Okupacja w pow. Krasnystaw 1939 - 1945", "Wnętrze kuźni", "Wnętrze kuchni dworskiej z II poł. XIX w.", "Rzemiosło artystyczne XVIII - pocz. XX", "Sztuka sakralna XVIII/XIX w."

W okresie od 1958 r. pracownicy Muzeum zorganizowali ponad 300 wystaw czasowych. Wystawy czasowe organizowane są w oparciu o własne zbiory, wypożyczenia międzymuzealne, od innych instytucji, a także wypożyczenia od osób prywatnych.

Aktualnie Muzeum posiada około 10 000 eksponatów w działach: archeologii, etnografii, historii, numizmatyki, sztuki dawnej i sakralnej oraz chmielarstwa i piwowarstwa. W jednym z pomieszczeń (dawnym refektarzu) znajdują się rokokowe freski z I poł. XVIII w.

W 1973 r. rozpoczęto gromadzenie księgozbioru fachowego, co doprowadziło do utworzenia biblioteki muzealnej, liczącej obecnie ponad 6 000 woluminów.